哥斯拉再次登陆东京，但这一次，它身后跟着一群试图保护它的民间组织。
2032年，哥斯拉时隔12年再次在日本登陆。但与前几次不同，一个名为“神兽保护联盟”的民间组织通过网络直播号召人们不要攻击哥斯拉，称它是“地球免疫系统对人类的反应”。内阁官房长官白石咏美主张使用新型电磁炮消灭哥斯拉，而防卫大臣渡海一郎则秘密与联盟接触。影片分为两条线：一条是哥斯拉从太平洋一路游向东京巨蛋，途中自卫队所有攻击均告无效，巨兽的伤口以肉眼可见的速度愈合；另一条是白石在一次内阁会议上被直播曝光她丈夫的制药公司一直从哥斯拉的细胞中提取抗癌物质，她消灭哥斯拉的真实目的是垄断专利。渡海在最后关头接手指挥，没有按计划使用电磁炮，而是引导哥斯拉走向福岛核废墟，让它吸走堆积的核废水后自行离开。哥斯拉离开时，镜头给到它的眼睛——那里面没有愤怒，只有疲惫。
这可能是自1954年第一部以来最政治化的哥斯拉。怪兽戏份甚至不是重点，重点是一个社会在面对“敌人其实是良药”时该如何自处。哥斯拉最后那个回头的眼神，足以入选影史最复杂怪兽镜头。不炸建筑，炸观念。
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